勤務先で年末調整を終えた後、年が明けてから医療費控除やふるさと納税の申告をしようとした際、疑問に感じるのが「年末調整の結果はどうなるのか」という点です。
会社で税金の計算が終わっているのに、個人でも確定申告をすると二重申告にならないのでしょうか。また、会社に提出した生命保険料やiDeCoの控除証明書を、もう一度集めて税務署へ提出しなければならないのでしょうか。
さらに、ふるさと納税でワンストップ特例を申請している人は、医療費控除のために確定申告をするとどうなるのかも気になるところです。
エンジニア的な視点で例えるなら、年末調整済みの源泉徴収票は、会社員の年間の所得や控除をまとめた「確定申告の基礎データ」です。確定申告では、そのデータを引き継いだうえで、医療費控除や寄附金控除などを加えて、最終的な税額を再計算します。
この記事では、年末調整後に確定申告をした場合の仕組みや、会社に提出済みの控除証明書の扱い、勤務先に知られる情報、そして注意が必要なふるさと納税のワンストップ特例について解説します。
結論：確定申告をしても年末調整がやり直しになるわけではない
会社で年末調整を受けた後に、自分で確定申告（還付申告）を行っても、会社の年末調整が取り消されたり、勤務先が年末調整をやり直したりするわけではありません。
年末調整は、勤務先が給与や賞与から源泉徴収した所得税について、年間の給与総額や各種控除をもとに精算する手続きです。
一方、確定申告は、本人が1年間の所得や控除などを申告し、最終的な所得税額を確定させる手続きです。
年末調整で医療費控除やふるさと納税の寄附金控除を申告していなかった場合、確定申告でそれらを追加して税額を計算できます。
例えば、次のようなケースです。
- 会社で年末調整を済ませた
- その後、1年間の医療費を集計したところ、医療費控除の対象になることが分かった
- ふるさと納税も行っていたため、寄附金控除を受けたい
- 源泉徴収票を使って確定申告を行う
この場合、確定申告では源泉徴収票に記載された給与や年末調整済みの控除を引き継ぎ、医療費控除や寄附金控除を加えて所得税を再計算します。
その結果、すでに給与から源泉徴収されていた税額が最終的な税額を上回っていれば、差額が還付されます。
還付金は原則として税務署から本人が指定した口座に振り込まれます。勤務先を経由して返金されるわけではありません。
ただし、確定申告をすれば必ず還付されるわけではありません。追加する控除や所得の状況によっては、還付額が発生しないこともあります。
会社に提出済みの控除証明書は再提出しなくてよい
年末調整後に確定申告をする際、誤解されやすいのが、生命保険料や地震保険料、iDeCoなどの控除証明書をもう一度提出する必要があるのかという点です。
結論から言うと、年末調整ですでに適用された控除について、証明書を税務署へ重ねて提出する必要はありません。
例えば、次のような控除です。
- 生命保険料控除
- 地震保険料控除
- 社会保険料控除
- iDeCo（小規模企業共済等掛金控除）
- 扶養控除
- 配偶者控除・配偶者特別控除
これらが年末調整で正しく反映されていれば、その控除額は源泉徴収票に記載されています。
確定申告では、源泉徴収票の内容をもとに申告書を作成するため、すでに適用された控除を最初から申告し直す必要はありません。
ただし、源泉徴収票の内容を確定申告に正しく反映させることは必要です。また、年末調整後に追加で支払った社会保険料など、源泉徴収票に反映されていない控除がある場合は、別途申告できることがあります。
なお、給与所得の源泉徴収票は、確定申告書への添付や提出時の提示は原則不要ですが、申告書を作成する際には必要です。手元に準備しておきましょう。
源泉徴収票のどこを見て確定申告に入力するのか
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すれば、画面の案内に従って源泉徴収票の内容を入力できます。
主に確認する項目は次のとおりです。
源泉徴収票の主な確認項目
| 源泉徴収票の項目 | 内容 |
|---|---|
| 支払金額 | その年に勤務先から支払われた給与・賞与の合計 |
| 給与所得控除後の金額 | 給与所得控除を差し引いた後の金額 |
| 所得控除の額の合計額 | 年末調整で適用された所得控除の合計 |
| 源泉徴収税額 | 給与から源泉徴収された所得税額 |
| 社会保険料等の金額 | 健康保険料・厚生年金保険料などの金額 |
| 生命保険料の控除額 | 年末調整で適用された生命保険料控除 |
| 地震保険料の控除額 | 年末調整で適用された地震保険料控除 |
| 小規模企業共済等掛金の額 | iDeCoなどの掛金について適用された控除額 |
実際の入力画面や必要な項目は、申告内容や利用する年分によって異なります。源泉徴収票の項目をすべて手入力する必要があるとは限りません。
また、マイナポータル連携を利用すると、一定の条件を満たした給与所得の源泉徴収票や、医療費、ふるさと納税などのデータを取得して申告書へ自動入力できます。
ただし、給与所得の源泉徴収票データを取得するには、勤務先が税務署へe-Taxなどで源泉徴収票をオンライン提出していることなどの条件があります。
医療費についても、保険診療分などは取得対象になりますが、すべての医療費が自動取得されるわけではありません。取得したデータに含まれない医療費がある場合は、領収書などを確認して追加入力する必要があります。
マイナポータル連携を利用する場合でも、取得した情報が正しいかどうかを確認してから申告しましょう。
医療費控除やふるさと納税を確定申告すると会社に知られる？
確定申告をすると勤務先に通知が届き、医療費控除やふるさと納税の内容まで知られてしまうのではないか、と心配する人もいるでしょう。
結論として、通常、勤務先に届く住民税の特別徴収税額通知書から、病院名や病名、個々の寄附先などの詳細が会社に伝わるわけではありません。
確定申告をすると、その申告内容は市区町村にも送られ、翌年度の住民税の計算に反映されます。
会社員の場合、住民税は原則として給与から天引きされる「特別徴収」です。
そのため、毎年5月から6月頃に、市区町村から勤務先へ住民税の特別徴収税額通知書が送られます。
勤務先が給与計算で使用する事業者用の通知書には、通常、給与から天引きする住民税額が記載されます。医療費控除の対象となった病院名や傷病名、ふるさと納税の寄附先ごとの詳細が記載されるものではありません。
一方、本人に交付される納税義務者用の通知書には、所得や控除の内訳が記載される場合があります。自治体によって通知方法や様式は異なりますが、本人用の通知書は個人情報として取り扱われます。
したがって、医療費控除やふるさと納税のために確定申告をしたこと自体で、勤務先に病院名や病名などが伝わると考える必要はありません。
なお、住民税額は確定申告の内容によって変わります。勤務先には給与から天引きする税額が通知されるため、年末調整だけを受けた場合と住民税額が異なることはあります。ただし、その金額の変化だけから、医療費控除やふるさと納税を行ったと特定できるわけではありません。
確定申告をすると、ふるさと納税のワンストップ特例は無効になる
年末調整済みの会社員が確定申告をする際に、特に注意しなければならないのが、ふるさと納税の「ワンストップ特例制度」です。
ワンストップ特例は、確定申告が不要な給与所得者などが、一定の条件を満たした場合に、自治体への申請だけでふるさと納税の控除を受けられる制度です。
主な条件は次のとおりです。
- 確定申告をする必要がない給与所得者などであること
- その年のふるさと納税先が5自治体以内であること
- 寄附先の各自治体にワンストップ特例の申請を行っていること
しかし、医療費控除などのために確定申告を行うと、すでに申請していたワンストップ特例は無効になります。
これは、医療費控除だけを申告する場合や、還付申告をする場合も同じです。
医療費控除だけを申告する場合も注意
例えば、次のようなケースを考えてみましょう。
- ふるさと納税を5自治体に行った
- 5自治体すべてにワンストップ特例の申請を済ませた
- 年明けに医療費を集計したところ、医療費控除を受けられることが分かった
- 医療費控除だけを確定申告して、ふるさと納税は申告しなかった
この場合、確定申告をした時点でワンストップ特例は無効になるため、ふるさと納税の控除を受けるには、確定申告に寄附金控除も含める必要があります。
つまり、医療費控除だけを申告して終わりにしてはいけません。
ワンストップ特例を申請した分も含めて申告する
確定申告をする場合は、ワンストップ特例を申請済みの寄附も含め、その年に行ったすべてのふるさと納税を申告してください。
寄附金受領証明書や、自治体が発行する寄附金控除に関する証明書などを準備し、確定申告書の「寄附金控除」に入力します。
マイナポータル連携に対応した寄附データであれば、自動取得できる場合もあります。
また、確定申告書では、寄附先の名称や寄附金額などを入力するほか、住民税に関する事項も正しく反映させる必要があります。画面の案内に従って、入力漏れがないか確認しましょう。
申告時にふるさと納税を入力し忘れた場合
もし、医療費控除などの確定申告をした際に、ふるさと納税の入力を忘れてしまった場合でも、必ずしも控除を受けられなくなるわけではありません。
申告内容や税額への影響などによっては、更正の請求などの手続きで訂正できる場合があります。
ただし、手続きには条件や期限があるため、申告漏れに気づいたら早めに税務署や税理士に確認しましょう。
最も確実なのは、最初の確定申告の段階で、ワンストップ特例を申請した分も含めてすべての寄附を入力することです。
医療費控除を申告するときに知っておきたいこと
医療費控除は、1年間に支払った医療費が一定額を超えた場合に、所得から差し引くことができる制度です。
一般的には、本人または生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費が対象になります。
医療費控除額は、原則として次の計算式で求めます。
医療費控除額 ＝ 実際に支払った医療費 − 保険金などで補てんされる金額 − 10万円
ただし、その年の総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円ではなく総所得金額等の5％を差し引きます。
医療費控除額の上限は200万円です。
例えば、年間の医療費が30万円で、保険金などによる補てんがなかった場合、総所得金額等が200万円以上であれば、医療費控除額は20万円です。
なお、医療費控除は支払った医療費がそのまま返金される制度ではありません。所得から控除されるため、実際の節税額や還付額は所得税率や住民税額などによって変わります。
確定申告では、原則として「医療費控除の明細書」を作成して提出します。医療費の領収書そのものは通常提出しませんが、税務署から確認を求められる場合に備えて、一定期間保管しておく必要があります。
また、医療費控除とセルフメディケーション税制は、同じ年に併用できません。どちらを適用するか選択する必要があります。
まとめ：年末調整後の確定申告で注意するのはワンストップ特例
年末調整が終わった後に医療費控除やふるさと納税を申告しても、会社の年末調整をやり直すことにはなりません。
源泉徴収票に記載された給与や控除を引き継ぎ、追加する控除を含めて所得税を再計算する手続きです。
今回のポイントを整理すると、次のとおりです。
- 年末調整後に確定申告しても、会社が年末調整をやり直す必要はない
- 年末調整で適用済みの生命保険料控除やiDeCoなどの証明書は、原則として再提出不要
- 源泉徴収票は確定申告の入力に必要なので、手元に準備する
- マイナポータル連携で源泉徴収票や医療費、ふるさと納税などを自動入力できる場合がある
- 勤務先には住民税の特別徴収税額が通知されるが、通常、病院名や病名、寄附先ごとの詳細は伝わらない
- 確定申告をすると、ふるさと納税のワンストップ特例は無効になる
- ワンストップ特例を申請した分も含め、その年のふるさと納税をすべて申告する
特に注意したいのは、医療費控除を申告する際に、ふるさと納税の入力を忘れないことです。
年末調整が済んでいるからといって、確定申告を避ける必要はありません。制度の仕組みを理解し、必要な控除を正しく申告しましょう。
次に読むおすすめ記事
