マイホームを購入して住宅ローンを組んだ会社員が、最初に疑問に感じることの一つが、住宅ローン控除の手続きです。
「なぜ1年目だけ自分で確定申告しなければならないのか」「2年目からは会社の年末調整で手続きできるのはなぜなのか」と疑問に思う人も多いのではないでしょうか。
私自身は固定費の身軽さと災害リスク回避から一貫して賃貸住まいを続けていますが、住宅を購入した周囲の同僚エンジニアや知人から相談を受けることがあるのが、この1年目と2年目の手続きの違いです。
住宅ローン控除は、住宅の取得状況や居住状況、借入金、所得など、複数の条件を満たす必要がある税額控除です。そのため、最初の年は本人が確定申告を行い、必要な書類を提出して適用を受けます。
一方、2年目以降は、税務署から交付される控除証明書などを利用することで、会社の年末調整でも控除を受けられるようになります。
この記事では、1年目の確定申告から2年目の年末調整への移行手順、近年導入された調書方式（マイナポータル連携）、そして住宅ローンを借り換えた場合の注意点について解説します。
なぜ1年目は確定申告が必要で、2年目から年末調整で処理できるのか
住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、住宅ローンの年末残高などを基に計算した金額を、所得税から直接差し引くことができる制度です。
ただし、住宅ローンを借りていれば誰でも控除を受けられるわけではありません。
住宅の取得状況や居住状況、住宅の性能、借入金の返済期間、本人の所得など、複数の要件を満たす必要があります。
住宅ローン控除の主な確認要件
代表的な要件には、次のようなものがあります。
- 住宅の新築や取得などの日から6か月以内に自ら居住すること
- 控除を受ける年の12月31日まで引き続き居住していること
- 原則として、住宅の登記事項証明書上の床面積が50平方メートル以上であること
- 床面積の2分の1以上を専ら自己の居住用に使用していること
- 控除を受ける年の合計所得金額が原則2,000万円以下であること
- 住宅取得などのための一定の借入金があり、原則として10年以上にわたって分割返済すること
なお、床面積40平方メートル以上50平方メートル未満の住宅についても、一定の特例要件を満たせば控除対象になる場合があります。この場合は、合計所得金額1,000万円以下などの条件があります。
また、新築住宅については、入居した年や住宅の種類によって省エネ性能などの要件が異なります。中古住宅についても別途確認すべき要件があります。
そのため、上記は代表的な条件であり、実際に控除を受けられるかどうかは、入居年や住宅の種類に応じて国税庁の最新情報を確認する必要があります。
1年目は本人が確定申告で適用要件を申告する
住宅ローン控除を初めて受ける年は、本人が確定申告を行う必要があります。
確定申告では、住宅の取得や居住状況、借入金の内容などを申告し、住宅ローン控除の適用要件を満たしていることを確認できる書類を提出します。
例えば、住宅の取得に関する売買契約書や登記事項証明書、住宅の性能を証明する書類、住宅ローンの年末残高に関する情報などが必要になる場合があります。
これは、勤務先の経理担当者が不動産を審査する権限を持っていないからではありません。
住宅ローン控除の初年度は、本人が税務署に対して適用を申告する手続きとして、確定申告が定められているためです。
2年目以降は控除証明書を利用して年末調整できる
初年度の確定申告を行うと、翌年以降の年末調整で使用する「住宅借入金等特別控除申告書」や「住宅借入金等特別控除証明書」が税務署から交付されます。
会社員の場合、これらの書類と住宅ローンの年末残高に関する情報を勤務先に提出することで、2年目以降は年末調整で住宅ローン控除を受けられます。
つまり、最初の年に本人が確定申告で必要事項を申告し、2年目以降は交付された控除証明書などを使って勤務先で手続きできる仕組みです。
なお、自営業者など年末調整を受けない人は、2年目以降も原則として確定申告で住宅ローン控除を申告します。
1年目の確定申告から2年目の年末調整への移行タイムライン
住宅ローン控除を初めて受ける年から、翌年の年末調整までの流れを整理しておきましょう。
1年目：入居した翌年の1月以降に確定申告
住宅ローン控除を初めて受ける年は、入居した年の翌年に確定申告を行います。
例えば、令和8年中に住宅へ入居した場合、令和8年分の所得税について令和9年に確定申告を行います。
主に次のような書類や情報を準備します。
- 確定申告書
- 住宅借入金等特別控除額の計算明細書
- 住宅の売買契約書や工事請負契約書などの写し
- 登記事項証明書など住宅の取得状況を確認できる書類
- 住宅ローンの年末残高に関する証明書や情報
- 住宅の性能に関する証明書（該当する場合）
- 給与所得の源泉徴収票など、所得を確認するための情報
住宅の種類や取得方法によって必要書類は異なります。国税庁の確定申告書等作成コーナーや住宅ローン控除の案内で、該当する書類を確認しましょう。
給与所得者で還付申告に該当する場合は、通常の確定申告期間である2月16日を待たずに、翌年1月1日から申告できます。
1年目：秋頃に翌年以降の控除証明書が交付される
初年度の確定申告によって住宅ローン控除の適用を受けると、翌年以降の年末調整で使用する控除証明書などが税務署から交付されます。
従来の証明書方式では、確定申告をした年の10月頃に、翌年以降の控除申告書と控除証明書がまとめて送付されます。
一方、調書方式では、控除証明書の受取方法によって交付時期が異なります。
- 電子交付：原則として毎年11月中旬頃にe-Taxのメッセージボックスへ格納
- 書面交付：入居2年目の11月下旬頃に、適用期間分の控除証明書がまとめて郵送
受取方法によって時期が異なるため、初年度の確定申告後に交付方法を確認しておきましょう。
2年目以降：毎年の年末調整で住宅ローン控除を申告
2年目以降は、勤務先の年末調整で住宅ローン控除を受けられます。
従来の証明書方式の場合は、税務署から交付された住宅借入金等特別控除申告書と、金融機関から交付された住宅ローンの年末残高証明書を勤務先に提出します。
調書方式の場合は、税務当局から提供される年末残高情報を利用し、控除証明書などを勤務先に提出します。
勤務先の年末調整システムが電子データに対応していれば、データを取り込んで手続きできる場合もあります。
2年目以降の必要書類と調書方式によるデジタル連携
2年目以降の手続きでは、住宅ローンの年末残高情報をどのように取得するかによって、従来の「証明書方式」と新しい「調書方式」に分かれます。
従来の証明書方式（紙の年末残高証明書）
証明書方式は、従来から利用されている方法です。
金融機関から交付される「住宅取得資金に係る借入金の年末残高証明書」を使って、住宅ローンの年末残高を確認します。
会社の年末調整では、主に次の書類を提出します。
- 税務署から交付された住宅借入金等特別控除申告書・控除証明書
- 金融機関から交付された住宅ローンの年末残高証明書
金融機関からの証明書は、一般的に秋頃から順次交付されます。
証明書方式では、金融機関から届いた年末残高証明書を確認し、勤務先に提出する必要があります。
調書方式（マイナポータル連携による電子化）
令和4年度の税制改正によって導入されたのが「調書方式」です。
従来は、住宅ローン控除を受ける本人が金融機関から年末残高証明書を受け取り、税務署や勤務先へ提出していました。
調書方式では、金融機関が税務署へ「住宅取得資金に係る借入金等の年末残高等調書」を電子的に提出します。
その情報を基に、税務当局から納税者へ住宅ローンの年末残高情報が提供されます。
納税者はマイナポータル連携を利用することで、年末残高情報を取得し、確定申告や年末調整の手続きに活用できます。
これにより、従来の紙の年末残高証明書を提出する手間が省けます。
調書方式を利用するための条件
調書方式は、すべての金融機関で利用できるわけではありません。
利用するためには、主に次の条件や準備が必要です。
- 借入先の金融機関が調書方式に対応していること
- 金融機関に「住宅ローン控除の適用申請書」を提出すること
- マイナポータル連携を利用する場合は、事前にe-Taxからの情報取得を希望するなどの準備を行うこと
調書方式に対応している金融機関は、国税庁のホームページで確認できます。
また、対応金融機関であっても、借入先や手続きの状況によっては調書方式を利用できない場合があります。
調書方式でも紙の書類を受け取れる
調書方式では、年末残高証明書の代わりに、税務当局から住宅ローン控除に関する情報が提供されます。
控除証明書の受取方法は、電子交付と書面交付から選択できます。
電子交付を希望する場合は、原則として毎年11月中旬頃にe-Taxのメッセージボックスへ控除証明書が格納されます。
書面交付を希望する場合は、入居2年目の11月下旬頃に、2年目以降の適用期間分の控除証明書がまとめて郵送されます。
なお、調書方式でも、マイナポータル連携を利用するためには事前準備が必要です。
また、金融機関が調書方式に対応していても、必要な申請や情報登録が完了していなければ、年末残高情報が自動取得できないことがあります。
金融機関の対応状況と手続き方法を、早めに確認しておきましょう。
要注意！住宅ローンを借り換えした年と書類を出し忘れた場合の対処法
2年目以降は年末調整で手続きできますが、通常の手続きとは異なるケースもあります。
特に注意したいのが、住宅ローンを借り換えた場合と、年末調整の書類を出し忘れた場合です。
住宅ローンを借り換えた年の注意点
金利負担を下げるために、別の金融機関で住宅ローンを借り換えるケースがあります。
住宅ローンを借り換えた場合でも、一定の要件を満たせば、引き続き住宅ローン控除を受けられます。
主な要件は次のとおりです。
- 新しい住宅ローンが、当初の住宅ローンを返済するためのものであることが明らかであること
- 新しい住宅ローンの返済期間が10年以上であるなど、住宅ローン控除の対象となる借入金の要件を満たしていること
ただし、借り換えによって住宅ローン控除の適用期間が延長されることはありません。
また、借り換え後の借入額が借り換え直前のローン残高を上回る場合は、住宅ローン控除の対象となる年末残高を按分計算する必要があります。
借り換え後の控除対象額の計算方法
国税庁では、次のような計算式を示しています。
- A：借り換え直前の当初住宅ローン残高
- B：借り換えによる新しい住宅ローンの借入時の金額
- C：借り換え後の住宅ローンの年末残高
借り換え後の住宅ローンが控除対象となる場合、計算は次のようになります。
AがB以上の場合
控除対象となる年末残高 ＝ C
AがBより小さい場合
控除対象となる年末残高 ＝ C × A ÷ B
例えば、次の条件で借り換えた場合を考えてみます。
- 借り換え直前の住宅ローン残高：3,000万円
- 借り換え後の新しいローン借入額：3,200万円
- 借り換え後の年末残高：3,150万円
この場合、借り換え前の残高より新しい借入額が大きいため、按分計算を行います。
3,150万円 × 3,000万円 ÷ 3,200万円 ＝ 約2,953万円
したがって、住宅ローン控除の計算に使用する年末残高は、約2,953万円となります。
借り換え時に諸費用などを上乗せして借り入れた場合は、このような按分計算によって控除対象額が調整される可能性があります。
借り換え後は、新しい金融機関の年末残高証明書や返済計画表などを確認し、正しい金額を申告することが重要です。
また、新しい金融機関が調書方式に対応しているかどうかも確認しておきましょう。
2年目以降に年末調整で住宅ローン控除を出し忘れた場合
税務署から交付された控除申告書を紛失したり、勤務先の年末調整の提出期限に間に合わなかったりした場合でも、住宅ローン控除を諦める必要はありません。
主な対処方法は2つあります。
1. 勤務先で再年末調整をしてもらう
住宅ローンの年末残高証明書が年末調整の提出期限までに間に合わなかった場合でも、翌年1月31日までに証明書を受け取って勤務先に提出すれば、年末調整の再計算を受けられる場合があります。
ただし、勤務先の処理状況によって対応が異なるため、早めに相談しましょう。
2. 自分で確定申告を行う
勤務先で再年末調整ができなかった場合は、自分で確定申告を行うことで住宅ローン控除を適用できる場合があります。
給与所得者で、ほかに確定申告の義務がなく、納め過ぎた所得税の還付を受けるための申告であれば、還付申告として翌年1月1日から5年間提出できます。
なお、すでに確定申告を提出している場合は、状況に応じて更正の請求など別の手続きが必要になることがあります。
控除申告書を紛失した場合
税務署から交付された住宅借入金等特別控除申告書を紛失した場合は、所轄の税務署に「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を提出することで、再交付を受けられます。
紛失に気づいたら、早めに税務署へ確認しましょう。
まとめ：1年目は確定申告、2年目以降は年末調整で住宅ローン控除を受ける
住宅ローン控除は、初年度と2年目以降で手続きが異なります。
最初の年は、住宅の取得や居住状況、借入金などの要件を本人が確定申告で申告します。
2年目以降は、税務署から交付される控除証明書などを利用することで、会社員であれば勤務先の年末調整で控除を受けられます。
今回のポイントを整理します。
- 住宅ローン控除を初めて受ける年は、原則として本人が確定申告を行う
- 2年目以降は、会社員であれば年末調整で控除を受けられる
- 従来の証明書方式では、金融機関から交付される年末残高証明書を利用する
- 調書方式では、金融機関から税務署へ年末残高情報が提出され、マイナポータル連携などで取得できる
- 調書方式を利用するには、対応金融機関での申請や事前準備が必要
- 住宅ローンを借り換えても、控除期間は延長されない
- 年末調整で控除を出し忘れた場合でも、再年末調整や確定申告で対応できる場合がある
調書方式の導入によって、住宅ローン控除の手続きは少しずつ電子化されています。
一方で、金融機関によって対応状況が異なるほか、借り換え時には控除対象となる年末残高の計算にも注意が必要です。
住宅ローン控除は、家計にとって大きな節税効果が期待できる制度です。初年度の確定申告を正しく行い、2年目以降も必要書類や手続き方法を確認して、漏れなく控除を受けられるようにしましょう。
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