会社の年末調整の提出期限を過ぎてから、生命保険や地震保険の控除証明書が見つかったり、iDeCoの掛金払込証明書が遅れて届いたりして、焦った経験はないでしょうか。
年末調整の提出期限を過ぎてしまったからといって、控除を諦める必要はありません。
勤務先で年末調整のやり直し（再年末調整）に対応してもらえる場合があります。また、勤務先で対応できない場合でも、自分で確定申告を行うことで、控除を反映した正しい税額に精算できる可能性があります。
私自身、母親を税法上の扶養親族に入れており、各種控除や税制の手続きを長年確認してきました。還付申告は、原則として対象年の翌年1月1日から5年間提出できます。
この記事では、年末調整で控除を出し忘れた際のリカバリー方法、過去5年分を遡って点検したい控除、そして所得税と住民税への影響について解説します。
結論：控除を出し忘れても翌年1月1日から5年間は還付申告できる
年末調整で控除証明書を提出し忘れた場合でも、税金を精算する方法は残されています。
会社員が納め過ぎた所得税の還付を受けるために行う手続きが「還付申告」です。
通常の確定申告期間は原則として翌年2月16日から3月15日までですが、還付申告はこの期間に限定されません。
対象となる年の翌年1月1日から5年間、税務署へ申告書を提出できます。
例えば、令和7年分の年末調整で生命保険料控除を出し忘れた場合、令和8年1月1日から令和12年12月31日まで還付申告が可能です。
また、過去の年分についても、5年間の提出期限内であれば遡って申告できる場合があります。
ただし、注意したいのは、控除を追加すれば必ず所得税が戻るわけではないという点です。
還付が発生するのは、源泉徴収された所得税などが、控除を反映して計算した本来の税額より多い場合です。もともと源泉徴収税額がない場合などは、控除を追加しても所得税の還付は発生しません。
また、すでに確定申告書を提出している場合は、単純にもう一度還付申告をするのではなく、原則として「更正の請求」など別の手続きが必要になります。
ステップ1：勤務先で再年末調整が可能か確認する
控除証明書を提出し忘れたことに気づいた場合、まずは勤務先の総務や経理担当者に相談してみましょう。
勤務先によっては、年末調整をやり直す「再年末調整」に対応してもらえる場合があります。
所得税基本通達では、年末調整後に所得控除の異動があった場合でも、給与所得の源泉徴収票が作成されるまでに申告があれば、会社が税額を再計算して差額を精算できる取扱いが定められています。
ただし、翌年1月31日までなら必ず再年末調整ができる、という一律の期限が設けられているわけではありません。
勤務先の源泉徴収票の作成状況や事務処理の都合によって対応が異なるため、気づいた時点で早めに相談することが重要です。
会社側で再年末調整を行ってもらえれば、追加した控除を反映して税額を精算できます。
一方、すでに源泉徴収票が作成されているなどの理由で対応が難しい場合でも、問題ありません。次のステップとして、自分で還付申告を行う方法があります。
ステップ2：源泉徴収票を使って自分で還付申告を行う
勤務先で再年末調整に対応してもらえなかった場合は、源泉徴収票を受け取ってから、自分で確定申告を行います。
国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用すれば、画面の案内に従って必要事項を入力し、e-Taxで提出できます。
還付申告に必要なもの
主に次のものを準備します。
- 勤務先から交付された給与所得の源泉徴収票
- 出し忘れた控除に関する証明書や金額が分かる書類
- マイナンバーカード
- 還付金を受け取る本人名義の銀行口座情報
控除の種類によって必要な書類は異なります。
例えば、生命保険料控除であれば生命保険料控除証明書、iDeCoであれば小規模企業共済等掛金払込証明書などを確認します。
還付申告の具体的な手順
- 勤務先から交付された給与所得の源泉徴収票を用意する
- 国税庁の「確定申告書等作成コーナー」にアクセスする
- 画面の案内に従って申告する年分と所得の種類を選択する
- 源泉徴収票に記載されている給与や源泉徴収税額などを入力する
- 出し忘れていた生命保険料控除、地震保険料控除、扶養控除、社会保険料控除などを入力する
- 還付金の振込先となる本人名義の銀行口座を入力する
- 入力内容を確認し、マイナンバーカードなどを利用してe-Taxで送信する
源泉徴収票の内容は、スマートフォンのカメラで読み取って入力できる場合もあります。
なお、申告する控除によっては、証明書の添付や提示が必要になることがあります。提出が不要な書類でも、税務署から確認を求められる場合に備えて保管しておきましょう。
還付金の振込時期は、申告内容や提出時期、税務署の処理状況などによって異なります。必ず3週間程度で振り込まれるとは限りません。
e-Taxで申告した場合は、e-Taxの「還付金処理状況確認」から処理状況を確認できます。
過去5年分を遡って点検したい見逃しがちな控除
還付申告は、現在の年分だけでなく、過去5年分についても対象となる場合があります。
年末調整で申告し忘れていた控除がないか、過去の源泉徴収票や控除証明書などを確認してみましょう。
会社員が見落としやすい代表的な控除を紹介します。
1. 別居している両親の扶養控除
両親と別居していても、一定の要件を満たせば扶養控除の対象になる場合があります。
扶養控除では、同居しているかどうかだけでなく、「生計を一にしているか」が重要です。
例えば、離れて暮らす親に対して生活費や療養費を継続的に仕送りしている場合などは、生計を一にしていると認められる可能性があります。
扶養親族に該当するためには、主に次の要件を満たす必要があります。
- 配偶者以外の一定範囲の親族であること
- 納税者と生計を一にしていること
- その年の合計所得金額が所定の要件以下であること
- 青色事業専従者として給与の支払いを受けていないことなど、一定の要件を満たすこと
扶養控除の所得要件は税制改正によって変更されています。令和6年分までは合計所得金額48万円以下でしたが、令和7年分からは58万円以下に変更されました。令和8年分についても、令和8年12月施行の税制改正による変更があるため、申告する年分に対応した要件を確認してください。
なお、65歳以上の親について「公的年金収入が158万円以下なら扶養にできる」といった古い基準を、そのまま現在の年分に当てはめないよう注意が必要です。
公的年金以外の所得があるかどうかや、適用される年分の公的年金等控除額などによって判定が変わります。
扶養控除の金額は、親の年齢や同居の状況によって異なります。
- 一般の控除対象扶養親族：38万円
- 老人扶養親族（同居老親等以外）：48万円
- 同居老親等：58万円
別居している親であっても、要件を満たせば老人扶養親族として48万円の所得控除を受けられる場合があります。
2. 家族の国民年金や国民健康保険料の支払い
自分と生計を一にする配偶者や親族の社会保険料を、自分が支払った場合は、社会保険料控除の対象になることがあります。
例えば、次のようなケースです。
- 子どもの国民年金保険料を親が支払った
- 配偶者の国民年金保険料を本人が代わりに納付した
- 生計を一にする親の国民健康保険料を本人が支払った
社会保険料控除は、対象となる保険料を実際に支払った人が控除を受ける仕組みです。
そのため、親の年金から天引きされている国民健康保険料や介護保険料を、子どもが自分の社会保険料控除として申告することは原則できません。
一方、本人が口座振替などで支払った場合は、要件を満たせば本人の控除対象になります。
国民年金保険料などを家族の分まで支払っていた場合は、過去の納付記録や控除証明書を確認してみましょう。
3. 医療費控除およびセルフメディケーション税制
自分や生計を一にする家族の医療費を支払っていた場合、医療費控除を受けられる可能性があります。
通常の医療費控除では、その年に支払った医療費から保険金などで補填された金額を差し引き、さらに原則として10万円（総所得金額等が200万円未満の場合は総所得金額等の5％）を差し引いた金額が控除対象になります。
また、対象となる市販薬を購入した場合には、セルフメディケーション税制を利用できることがあります。
ただし、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は、同じ年に併用できません。どちらか一方を選択して適用する制度です。
また、セルフメディケーション税制には、対象医薬品の購入や健康の保持増進・疾病予防に関する一定の取組などの要件があります。
過去の医療費や薬局の購入記録を確認し、どちらの制度が有利になるか比較してみましょう。
医療費控除を申告する場合は、原則として医療費控除の明細書を作成して申告書に添付します。領収書などは自宅で5年間保管する必要があります。
4. iDeCoの掛金払込証明書の提出忘れ
iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金は、全額が小規模企業共済等掛金控除の対象になります。
会社員が個人でiDeCoに加入して掛金を支払っている場合、通常は年末調整で「小規模企業共済等掛金払込証明書」などを提出して控除を受けます。
しかし、証明書が届く時期や会社の提出期限によっては、年末調整に間に合わないことがあります。
その場合でも、確定申告で掛金を申告すれば控除を受けられます。
iDeCoの掛金は、年間の支払額が所得控除の対象になるため、年末調整で申告し忘れていないか確認しておきましょう。
還付申告を行うと翌年の住民税はどうなるのか
還付申告を行うメリットは、所得税の還付だけではありません。
所得税の確定申告を行うと、原則として申告内容が市区町村にも連携され、住民税の計算にも反映されます。
そのため、所得控除の追加によって課税所得が減れば、翌年度の住民税も減額される可能性があります。
ただし、所得税と住民税では控除額や計算方法が異なるため、所得税の還付額と住民税の減額分が同じになるわけではありません。
また、過去の年分について還付申告を行った場合は、対象年度の住民税について自治体側で再計算が行われます。
すでに住民税を納めている場合、納め過ぎとなった金額の還付や、今後の納付額との調整などが行われることがあります。
具体的な処理や還付方法は自治体によって異なるため、過年度分の住民税については、申告後に自治体から届く通知を確認しましょう。
なお、所得税の確定申告を提出した場合、原則として同じ所得について住民税の申告を別途行う必要はありません。ただし、申告内容や自治体からの案内によって確認が必要になる場合があります。
まとめ：控除の出し忘れに気づいたら還付申告を検討する
年末調整は勤務先が所得税の精算を代行してくれる便利な仕組みですが、控除証明書の提出を忘れたり、書類の到着が遅れたりすることはあります。
そのような場合でも、控除を受ける方法がなくなるわけではありません。
今回のポイントを整理します。
- 年末調整の期限を過ぎても、勤務先で再年末調整に対応してもらえる場合がある
- 再年末調整が難しい場合は、自分で還付申告を行える
- 還付申告は原則として対象年の翌年1月1日から5年間提出できる
- 別居している親の扶養控除や、家族の社会保険料を支払った場合の控除も確認する
- 医療費控除とセルフメディケーション税制は併用できない
- 所得税の申告内容は住民税にも反映されるが、税額や還付方法は異なる
特に、親の扶養控除や家族の社会保険料の支払い、iDeCoの掛金などは、年末調整の書類を作成するときに見落としやすい項目です。
5年間の提出期限を過ぎてしまう前に、過去の源泉徴収票や控除証明書を確認してみましょう。
控除を正しく申告することは、税金を適切に精算し、家計を守るためにも大切です。
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参考情報
- 国税庁 タックスアンサー No.2030 還付申告
- 国税庁 タックスアンサー No.2671 年末調整の後に扶養親族等の人数が異動したとき
- 国税庁 タックスアンサー No.1180 扶養控除
- 国税庁 タックスアンサー No.1130 社会保険料控除
- 国税庁 タックスアンサー No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）
- 国税庁 タックスアンサー No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用
- 国税庁 令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について
- 国税庁 令和8年度税制改正による所得税の基礎控除の引上げ等について
- e-Tax 還付金処理状況確認について
